| 0000 Ministerio de Educación, Ciencia y Tecnología |
| 0010 Departamento de Relaciones Públicas y Protocolo |
| 0020 Asesores |
| 0030 Departamento de Consultoría Jurídica |
| 0100 Dirección de Recursos Humanos |
| 0110 Departamento de Reclutamiento y Selección |
| 0120 Departamento de Capacitación |
| 0130 Departamento de Registro y control |
| 0200 Dirección de Tecnología de la Información |
| 0201 División de Fomento a las TIC |
| 0210 Departamento de Redes y conectividad |
| 0220 Departamento de Desarrollo de Sistemas |
| 0230 Departamento de Soporte Informático al Usuario |
| 0300 Dirección del Sistema Nacional de Información |
| 0310 Departamento de Publicaciones y Eventos |
| 0320 Departamento de Documentación |
| 0400 Dirección de Planificación y Desarrollo |
| 0410 Departamento de Formulación Presupuestaria |
| 0420 Departamento de Proyectos |
| 0430 Departamento de Gestión de la Calidad |
| 0440 Departamento de Estadísticas |
| 0450 Departamento de Desarrollo Organizacional |
| 1000 Viceministerio de Educación Superior |
| 1100 Dirección de Currículum |
| 1101 División de Educación Virtual y a Distancia |
| 1110 Departamento de Postgrados |
| 1120 Departamento de Grados |
| 1130 Departamento de Técnico Superior |
| 1140 Departamento de Rediseño y Seguimiento Curricular |
| 1200 Dirección de Control Académico |
| 1201 División de Atención al Usuario |
| 1202 División de Transferencia Extranjera |
| 1203 División de Exequátur |
| 1210 Departamento de Legalización de Documentos Universidades Activas |
| 1220 Departamento de Legalización de Documentos Universidades Clausuradas |
| 1230 Departamento de Auditoría al Registro Académico |
| 1300 Dirección de Fomento a la Equidad |
| 1301 División de Tarjeta Joven Universitario |
| 1302 División de MOEA /TOCSENU |
| 1310 Departamento de Becas Nacionales |
| 1320 Departamento de Becas Internacionales |
| 1330 Departamento de Inglés de Inmersión para la Competitividad |
| 1400 Dirección de Fomento a la Calidad y la Excelencia |
| 1410 Departamento de Evaluación y Seguimiento a las IES |
| 1420 Departamento de Homologaciones y Convalidaciones |
| 1430 Departamento de Educación Médica |
| 1440 Departamento de Pruebas Diagnósticas |
| 2000 Viceministerio Financiero |
| 2100 Dirección Financiera |
| 2110 Departamento de Contabilidad |
| 2120 Departamento de Ejecución Presupuestaria |
| 2130 Departamento de Tesorería |
| 3000 Viceministerio Administrativo |
| 3010 Departamento de Compras |
| 3100 Dirección Administrativa |
| 3101 División de Mantenimiento del Edificio |
| 3102 División de Mayordomía |
| 3103 División de Seguridad y Vigilancia |
| 3110 Departamento de Servicios Generales |
| 3111 División de Transportación |
| 3112 División de Suministros |
| 3113 División de Correspondencia y Archivo |
| 3114 División de Archivo Central |
| 4000 Viceministerio de Ciencia y Tecnología |
| 4100 Dirección de Fomento a la Investigación en Ciencia y Tecnología |
| 4110 Departamento de FONDICYT y Proyectos de Investigación Especializada en Ciencia y Tecnología |
| 4120 Departamento de Políticas y Normas de Desarrollo Científico Tecnológico |
| 4130 Departamento de Programas y Evaluación de Proyectos |
| 4200 Dirección de Innovación y Transferencia Tecnológica |
| 4210 Departamento de Innovación y Transferencia |
| 4220 Departamento de Vinculación Universidad Empresa |
| 4230 Departamento de Servicios Tecnológicos, Negocios y PYMES |
| 4300 Dirección de Recursos para la Ciencia y Tecnología |
| 4301 División de Estudios de Oferta y Demanda en Ciencia y Tecnología |
| 4310 Departamento de Coordinación de Programas de Formación de Capital Humano |
| 4320 Departamento de Educación Continua |
| 4400 Dirección de Fomento y Difusión de la Ciencia y Tecnología |
| 4401 División de Promoción y Difusión a la Ciencia y Tecnología |
| 4410 Departamento de Fomento e Incentivo a la Ciencia y Tecnología |
| 4420 Departamento de Gestión e Información Científico Tecnológico |
| 5000 Viceministerio de Relaciones Interinstitucionales e Internacionales |
| 5100 Dirección de Relaciones Interinstitucionales e Internacionales |
| 5110 Departamento de Cooperación Interinstitucional |
| 5120 Departamento de Cumbres y Tratados |